Reich ausgestattet ist das Museum auch mit sakralen Kunstwerken.

Hervorzuheben sind mehrere spätgotische Holzschnitzwerke, so eine Schutzmantelmadonna und der Kembacher Altar aus dem Umkreis Riemenschneiders, sowie Tafelbilder aus der gleichen Epoche, u. a. eine Kreuzigung und ein Gnadenstuhl aus Oberschwaben. Hierzu gehören auch eine Kreuztragung und eine Kreuzigung, Kopien nach Grünewalds Tauberbischofsheimer Altar von 1524.

Religiöse Kunst aus der Barockzeit findet man in verschiedenen Zimmern, so zwei Haus- madonnen von ca. 1745. In einem eigenen „kirchlichen Raum“ steht der 1693 von Amtmann Freiherr von Dalberg gestiftete Altar, der ursprünglich im Kapellenerker des Schlosses aufgestellt war.